Já com a moral lá em cima, ele aceitou fazer Batman – O Retorno (1992), mas com a condição de ter total controle sobre o filme. E o resultado foi um filme considerado muito sombrio, assustador demais para as crianças. A segunda parceria de Burton e Depp aconteceu em 1994, quando eles fizeram a cinebiografia daquele que é considerado “o pior cineasta de todos os tempos”, Ed Wood. Martin Landau ganhou o Oscar de Ator Coadjuvante por interpretar Bela Lugosi. E adivinha quem voltou em 1999, para estrelar A Lenda do Cavaleiro Sem Cabeça? Desta vez Johnny Depp foi Ichabod Crane, na adaptação do livro de Washington Irving, e teve como par Christina Ricci. O filme foi uma homenagem de Burton aos clássicos d terror Em 2000 Tim Burton fez algo bem diferente: a série de animações em flash The World of Stainboy. O personagem havia aparecido pela primeira vez no livro The Melancholy Death of Oyster Boy, também de sua autoria. Foram seis episódios. Planeta dos Macacos (2001), que conta fatos anteriores aos acontecimentos do clássico de 1968, marca Tim Burton pelo bem e pelo mal. O lado bom foi ele ter conhecido no set a atriz Helena Bonham Carter, sua mulher, Em compensação, dois anos depois veio o favorito de muitos fãs, o colorido e poético Peixe Grande, sobre a jornada de um homem que quer comprovar se todas as histórias fantásticas que seu pai contava eram reais ou puro exagero. Em 2005 o diretor encarou o desafio de fazer o remake de um clássico dos anos 70, A Fantástica Fábrica de Chocolate. E, pela primeira vez, uniu seus dois musos: Johnny Depp e Helena Bonham Carter . No mesmo ano ele fez uma declaração de amor à mulher – óbvio que bem ao seu estilo: criou para ela a animação A Noiva Cadáver. E nessa volta ao seu ambiente mais tradicional, o sombrio, fez questão de unir novamente seus dois atores favoritos. Em 2006 o cineasta estreou em outro setor: dirigiu seu 1º videoclipe. Para Bones, da banda americana The Killers, ele usou trechos de filmes e fez uma sátira à clássica cena do beijo na praia em A Um Passo da Eternidade, desta vez encenada por esqueletos.